در روایتی آمده که حضرت فاطمه (س) در بیست جمادی الثانی سال دوم بعثت که جمعه بود، متولد شد. امام رضا (ع) فرموده رسول خدا (ص) فرمود: «وقتی به معراج رفتم، جبرئیل دستم را گرفت و مرا به بهشت برد و به من خرما تعارف کرد. من نیز خوردم و آن خرماها به نطفه بدل شد. وقتی به زمین برگشتم با همسرم خدیجه خلوت کردم و او به فاطمه آبستن شد. به همین دلیل فاطمه حوریه انسان نماست و من هرگاه مشتاق توی بهشت می شوم، دخترم را بو می کنم.»

مكان تولد حضرت زهرا (س) در شهر مكه و در خانه خديجه بوده است. اين خانه در محلهاى است كه در گذشته به آن «زقاق العطارين» يعنى كوچه عطارها مى گفتند. رسول خدا (ص) تا هنگام هجرت، در آن خانه ساكن بود. خانه مباركى كه بارها در آن فرشته وحى بر پيامبر (ص) نازل گرديد. اين خانه بعدها به صورت مسجد در آمد و از آنجا كه محل نزول وحى و بخشى از قرآن، زيستگاه پيامبر (ص) و مكان تولد حضرت زهرا (س) بود، در نظر عموم مسلمين ارزش معنوى و قداستى خاص داشت. از اين رو بارها در طول تاريخ همزمان با تعمير و توسعه مسجد الحرام، نسبت به مرمت بناى آن اقدام كردند.
وقتی حضرت خدیجه با رسول خدا ازدواج کرد، زنان مکه او را ترک کردند. هیچ یک از زنان مکه به او سر نمی زدند و حتی به او سلام هم نمی دادند. خدیجه از تنهایی خود ناراحت شد و از این ناراحتی هراسان شده بود. او وقتی به فاطمه باردار شد، فاطمه از داخل رحم با مادرش حرف می زد و به او آرامش می داد. خدیجه این مطلب را از پیامبر (ص) پنهان کرد. روزی رسول خدا متوجه شد و به خدیجه فرمود: جبرئیل به من گفته، آنچه در رحم داری دختر است و فرزندانش هم پاک و پاکدامنند.
نورى كه به خانه هاى مكه راه يافت و همه را در حيرت فرو برد. پس از آن ده فرشته همراه با طشت و ابريقى مملو از آب كوثر از آسمان فرود آمدند. آن بانويى كه در پيش روى خديجه قرار داشت مولود را با آن آب شستشو داده و جامه كه از شير سفيدتر و از عنبر خوشبوتر بود بيرون آورد. با يكى تن مولود را پوشاند، و ديگرى را مقنعه او قرار داد آن گاه دست خود را بر لبان كودك نهاد و او را به سخن گفتن وادار نمود، فاطمه دهان گشود و چنين فرمود: «اشهد ان لا اله اللَّه و اشهد ان محمد رسولاللَّه سيدالانبياء و ان بعلى سيدالاوصياء و ولدى سادة الاسباط.»

بنابر روایتی وقتی حضرت زهرا (س) متولد شد، پنج سال از بعثت نبی مکرم اسلام(ص) و سه سال از شب معراج می گذشت. ایشان هشت سال با پدر بزرگوارش در مکه بود و سپس با او به مدینه هجرت کرد. یک سال از ورود ایشان به مدینه می گذشت که با حضرت علی (ع) ازدواج کرد. وقتی پدرش از دنیا رفت، ایشان هیجده ساله بود و بعد از پیامبر اعظم (ص) هفتاد و دو روز بیشتر زندگی نکرد.